元代将粮仓大部分建在城的东部，除基于地理方面的考虑，即依水而建外。还充分考虑到:粮仓必须有较高的地势，这样才能在雨季来临时使粮食不致浸水；粮仓所处的位置必须通风透气，阳光充足，才能防粮食因潮湿而霉变。由此进一步印证了东城为“风水”绝佳之所。

    明代运河的路线和元代一样，北自大都，南迄杭州，全长3000余里。它在元大都城基础上重新进行规划、改造，将通惠河(又称玉河)，南北向一段河道圈入东皇城墙之内，从此，运粮船不能进城，只能停泊在通州张家湾。卸下的粮食再由陆路从朝阳门(古称齐化门)进城。在古代，北京的城门，除了一般的通行启闭作用之外，都有它特殊的功能。在朝阳门门洞北侧墙上，镶嵌着一块石板，上面刻着谷穗，所以，朝阳门又有运粮门之称。 

    清代京通仓廒的建筑十分讲究，其技术较之元、明有较大改进。首先，为了防止水淹，每座仓廒所选地址都比较高，四周筑有高大围墙，地下修有排水管道。其次，为了防潮，每座仓廒的地基都是三合土夯筑的，然后均匀铺洒一层白灰，再用砖铺作地面，上加楞木，铺满松板；墙壁有护墙板，门有门罩。第三，为了通风以透泻汗蒸郁热之气，每座仓廒除有气楼、闸板外，还“用竹气通高出米顶之上”。并用竹篾编成隔孔，钉于窗上以防鸟。第四，廒的墙体很厚，底部厚约1.5米，顶部约为1米，墙体收分很大，建造如此之厚的墙体，可以使粮仓内部保持相对的恒温。以上的建筑方法和措施，既防潮又保证通风，使仓粮历久不坏。

    为了贮存最大量的粮食，南新仓在构造上最大的特点就是仓廒的空间容量极为可观，按仓最少储粮100万石的储量来计算，南新仓可储存近1亿斤的粮谷。如果折成基本储量为10吨的集装箱的话，南新仓的总储藏量就相当于5000个左右的集装箱。

    据史记载:南新仓在清朝初期有廒46座；康熙三十三年(1694年)添建5座，五十五年(1716年)添建5座；雍正元年(1723年)添建9座；乾隆元年(1736年)添建1座。因此，到乾隆年间，南新仓已经有廒66座，规模之大，在当时为京城之最。到宣统年间南新仓又增建到76廒。

    从南新仓的历史可以看出，南新仓是元、明、清时期南粮北运的产物，是南粮济京的重要代表性建筑，也是中国古代南北方生活资料调剂的见证；同时，它又是南北大运河的终点所在，对研究我国运河史有着重大价值。此外，南新仓是我国现存古建筑中的一个特殊类型的建筑，它巧妙的布局、结构和形式以及一套完整的运作方式和管理制度，代表了我国古代劳动人民高超的智慧，是研究古代仓储制度和仓房建筑的宝贵的实物资料。